幹細胞根據分化能力的限制，可分成全能幹細胞、多功能幹細胞、特定功能性幹細胞等：
全能幹細胞 (Totipotent): 能變成任何細胞。例如: 心臟細胞、肝細胞、肌肉細胞…等。胚胎細胞便是全能幹細胞，可分化成各種細胞及器官。
多功能幹細胞 (Pluripotent 或Multipotent): 能分化為多種特定的細胞。例如: 胚胎發育到一定程度，會分化為負責神經系統及皮膚系統的外胚層細胞，這些細胞就會接收指令分化為神經細胞、黑色素細胞、肌肉細胞…等，無法分化為內胚層或中胚層細胞(例如: 心臟細胞、肝細胞、肌肉細胞…等)。
特定功能性幹細胞 (Unipotent): 只能分化成指定的細胞。例如: 脂肪組織內分散著分化成血管細胞、脂肪細胞、纖維細胞等成人幹細胞。成人體內骨髓與脂肪組織是人體幹細胞儲存最多的地方。